Seitdem die Oldenburger Grafen 1529 die Reformation eingeführt hatten, waren die Einwohner der Grafschaft offiziell allesamt Protestanten. Auf diese Weise wurde auch die alte Rasteder St.-Ulrichs-Kirche ganz selbstverständlich evangelisch. In den folgenden Jahrhunderten gab es zwar immer einmal wieder den einen oder anderen zugewanderten Katholiken in Rastede. Für diesen überschaubaren Kreis lohnte es sich jedoch nicht, eine eigene katholische Kirche zu errichten. Diese Situation änderte sich erst mit dem Ende des 2. Weltkriegs, und zwar gravierend. Durch den Zuzug vieler Kriegsflüchtlinge aus den ehemaligen deutschen Ostgebieten, vor allem aus Schlesien und dem Sudetenland, wuchs die Zahl der Katholiken innerhalb eines Jahres sprunghaft auf über 4000 an. Um ihnen einen eigenen würdevollen Gottesdienst zu ermöglichen, musste schnell gehandelt und eine katholische Kirche gebaut werden. Im August 1950 erfolgte der erste Spatenstich und bereits vier Monate später konnte die erste Messe gefeiert werden.
Obwohl noch nicht sonderlich alt, verfügt St. Marien über ein hochwertiges Inventar. Eine große Marienstatue wurde der Kirche 1952 vom Pius-Hospital geschenkt, eine kleinere vom Bonifatiuswerk Paderborn.
Etwas ganz Besonderes ist der Taufstein, denn er ist aus einem originalen romanischen Säulenschaft des ehemaligen Klosters Rastede gefertigt. Der Taufstein bildet damit ein sichtbares Bindeglied zwischen dem mittelalterlichen Marienkloster und dem neuen Gotteshaus der katholischen Gemeinde in Rastede. Der Säulenschaft ist (war?) seinerzeit ein Geschenk des Erbgroßherzogs von Oldenburg gewesen, dessen Schloss auf dem Gelände des ehemaligen Klosters steht.
In den frühen 1990ern ist die St. Marienkirche noch einmal umgestaltet worden. Es wurden an der Ostseite eine Sakristei angebaut und der Kirchenraum mit neuen bleiverglasten Fenstern ausgeschmückt.